Всё делается в консоли.

Набираем:

dpkg -l | grep linux-image

вывод установленных ядер в системе у меня так:

ii linux-image-2.6.28-11-generic 2.6.28-11.42 Linux kernel image for version 2.6.28 on x86
ii linux-image-2.6.28-14-generic 2.6.28-14.46 Linux kernel image for version 2.6.28 on x86
ii linux-image-generic 2.6.28.14.18 Generic Linux kernel image

получается надо удалить старое linux-image-2.6.28-11-generic

удаляем командой:

sudo su -c 'apt-get remove -f linux-image-2.6.28-11-generic&&update-grub'

Вот и все.

P.S. ядер может быть и не два, как у меня, а несколько… Оставляем самое последнее или нужное.